اندوگلوکاناز از آنزیمهای سلولازی می باشد که پیوندهای بتاگلوکوزیدی را به طور اتفاقی در ملکولهای سلولز قطع نموده و تولید قطعات کوتاه الیگوساکاریدی می کند. در این تحقیق، از جدایه R4 قارچ Aspergillus niger جهت مطالعه میزان فعالیت آنزیم اندوگلوکانازی استفاده شد. بدین منظور اثر عوامل محیطی مختلف شامل منابع کربنی، القا کننده ها، pH و زمان کشت مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصله نشان داد که CMC به عنوان بهترین منبع کربنی، لاکتوز به عنوان القا کننده، pH برابر 8 و روز دوم کشت به عنوان شرایط بهینه تولید آنزیم بتا 1 و 4 اندوگلوکاناز در این قارچ می باشند. همچنین جهت تکثیر و همسانه سازی ژن کد کننده آنزیم بتا 1 و 4 اندوگلوکاناز B (eglB) از جدایه انتخابی، استخراج DNA ژنومی به روش CTAB صورت گرفت. برای تکثیر این ژن از دو آغازگر اختصاصی (EGAF, EGAB) استفاده گردید و قطعه مورد انتظار به طول bp 1297 (با احتساب ترادف آنزیمهای برشی) به دست آمد. الگوی هضم آنزیمی (restriction pattern) توسط دو آنزیم HindII و PstI قطعه مذکور را تایید کرد. پس از تایید همسانه سازی eglB تکثیر شده در ناقلpUC19 ، ژن مذکور جهت تعیین توالی مورد استفاده قرار گرفت. مقایسه توالی DNA ژن eglB همسانه سازی شده با توالیهای مشابه ثبت شده در بانک ژن نشان داد که توالی ژن eglB به دست آمده در این تحقیق با توالی ژن eglB قارچ A. niger با شماره ثبت AJ224452 و قارچ A. niger CBS 513.88 با شماره ثبت XM001391932 و نیز توالی ژن eglC قارچ A. kawachii با شماره ثبت ABO55433 به ترتیب برابر 93.6، 94.2 و 98.8 درصد مشابهت نشان می دهد در صورتی که این ژن با ژن eglB قارچ A. nidulans با شماره ثبت AF420021 مشابهت چندانی از خود نشان نمی دهد.